Pondok Pesantren “Al Muhajirin” merupakan pondok pesantren (Pontren) yang berbasis modern, yang terletak di Patuk RT/RW: 04/01, Dusun Patuk, Desa Patuk, Kec. Patuk Kab. Gunungkidul, Provinsi D.I. Yogyakarta. Pontren Al Muhajirin ini didirikan pada tanggal 11 Mei 2011 oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah Gunungkidul, yang dalam perjalanannya telah berhasil meletakkan dasar-dasar aqidah, nilai-nilai moral Islam dan wawasan keislaman terhadap para santrinya melaui sistem pengajian, TPA maupun Madrasah Diniyah (MADIN). Selain berkonsentrasi dalam pendidikan kepesantrenan, Pontren Al Muhajirin juga mengelola pengajian kepada masyarakat melalui forum pengajian rutin malam Ahad Pon, penyaluran zakat, penyembelihan dan pembagian hewan qurban, memfasilitasi kegiatan bulan Ramadhan dan kegiatan-kegiatan hari besar lainnya. Pontren Al Muhajirin saat ini dipimpin oleh H. Ponco Budi Susilo, MA., M.Si.
Seiring dengan berkembangnya waktu, berawal dari adanya ketidakpuasan para pengajar pondok pesantren dengan output pondok pesantren karena tidak sinkronnya kurikulum sekolah umum dan kurikulum pondok pesantren sehingga mengakibatkan proses pembelajaran diniyah tidak maksimal, maka dipandang perlu untuk menyelenggarakan pendidikan formal. Niatan ini direalisasikan dengan mendirikan MTs Muhammadiyah Al Muhajirin Patuk Gunungkidul sebagai langkah awal untuk kaderisasi generasi penerus perjuangan pondok pesantren.
Secara terperinci tujuan pendirian MTs Muhammadiyah Al Muhajirin Patuk Gunungkidul sebagai berikut :
a. Membantu program pemerintah untuk menuntaskan wajib belajar pendidikan dasar 9 tahun
b. Memperdekat jarak siswa/siswi dalam menempuh perjalanan ke madrasah.
c. Membekali anak-anak usia emas dengan ilmu-ilmu benar yang bersumber dari Al Quran dan Hadits
d. Menyiapkan generasi muda yang unggul berwawasan Iptek dan Imtak dalam persaingan globalisasi
e. Memberikan kesempatan pendidikan kepada masyarakat umum khususnya masyarakat yang kurang mampu dalam mendapatkan pendidikan yang lebih tinggi
f. Memberikan pelayanan pendidikan yang optimal terhadap kebutuhan siswa lulusan SD/MI dengan ijasah akhir lulusan Madrasah Tsanawiyah
NB. Pendirian MTs Muhammadiyah Al Muhajirin Patuk Gunungkidul tidak hanya untuk mencerdaskan intelektual si anak akan tetapi juga untuk mencerdaskan masyarakat umumnya.
NB. Pendirian MTs Muhammadiyah Al Muhajirin Patuk Gunungkidul tidak hanya untuk mencerdaskan intelektual si anak akan tetapi juga untuk mencerdaskan masyarakat umumnya.
